1677 m. įkurta parapinė mokykla, 1865–1950 m. pradžios mokykla, nuo 1950 m. septynmetė, aštuonmetė, nuo 1967 m. Kluoniškiuose, nuo 1991 m. Zapyškio pagrindinė mokykla.

Zapyškyje mokykla įsteigta 1677 m. 1819 m. veikė elementarinė mokykla. 1865 m. įkurta Zapyškio pradinė dviejų komplektų mokykla. 1921 m. mokykloje mokėsi 95 mokiniai, dirbo du mokytojai. 1923 m. dėl patalpų stokos vienas komplektas perkeliamas į Kluoniškių kaimą. 1934 m. Zapyškyje pastatyta medinė 145,5 m² mokykla. Mokykla gavo 3129 m² žemės sklypą. Per Antrąjį pasaulinį karą mokykla sudegė.

1940 m. Zapyškyje veikė žydų pradinė mokykla, kurioje buvo 4 skyriai, mokėsi 20 mokinių. Lietuvių mokykloje tuo metu buvo 6 skyriai, dirbo 3 mokytojai. 1948 m. Dievogalos ir Kluoniškių kaimuose veikė pradinės mokyklos. 1951 m. Dievogalos pradinei mokyklai perduotas buvusios Zapyškio klebonijos patalpos.

Nuo 1950 m. mokykla septynmetė, nuo 1961 m. aštuonmetė mokykla. 1967 m. pastatyta dviaukštė mūrinė 987,94 m² mokykla Kluoniškių kaime.